En 1917, Charles Muller fonde son commerce de machines-outils à Bévilard dans le Jura.
Essentiellement liée à l'industrie horlogère, l'entreprise se déplace à Bienne en 1929.
La crise horlogère des années 30 l'a amenée à diversifier ses secteurs d'activités : elle touche aujourd'hui tous les secteurs industriels.
Félix, Serge et Marcel succèdent à leur père en 1942 et créent la société anonyme actuelle. En 1966, l'entreprise construit son premier entrepôt sur le site actuel avec une surface au sol de 1'400 m².
A la mort de Félix Muller, en 1967, son fils Michel rejoint la direction. En 1983, Muller Machines SA ouvre à Brügg/Bienne un des plus grands centres européens de machines-outils d'occasion, avec une exposition permanente de 15'000 m².
En 1992, Muller Machines SA fête ses 75 ans d'existence et inaugure un nouvel immeuble de 4 étages.
En 2001, le holding Muller Group SA est constitué. Muller Machines SA installe son magasin d'outils et d'accessoires Realtools SA dans des locaux modernes, sur le site principal de Brügg/Bienne. (Realtools SA)
En 2002, lors de l'exposition nationale en Suisse, Muller Machines SA inaugure son propre musée de la machine-outil, avec une salle polyvalente pour conférences et réunions. (Centre Muller)
En 2004, Muller Machines SA lance AuctionMachinetool SA, sa plateforme de vente aux enchères en ligne pour la machine-outil
(AuctionMachinetool SA)
En 2007, Muller Machines SA installe son atelier de révision dans des locaux flambant neufs et fête dignement ses 90 ans d'existence. (Muller Revision SA)
En 2008, Muller Machines SA installe un local d'exposition et de stock au Tessin.
Dirigée par une équipe dynamique, l'entreprise continue de se développer: elle exporte ses machines-outils dans toute l'Europe, en Amérique, en Asie ainsi que dans les pays de l'est.